Tomcat(mvn tomcat:run)の実行時にシステムプロパティを追加できます。構文は次の形式です。
<project>
...
<build>
...
<plugins>
...
<plugin>
<groupId>org.apache.tomcat.maven</groupId>
<artifactId>tomcat6-maven-plugin</artifactId>
<version>2.2</version>
<configuration>
<systemProperties>
<example.value.1>alpha</example.value.1>
<example.value.2>beta</example.value.2>
</systemProperties>
</configuration>
</plugin>
...
</plugins>
...
</build>
...
</project>